3 ธันวาคม 1999 ซาเนตติได้แต่งงานกับแฟนสาวที่คบกันมาอย่างยาวนาน เปาลา เด ลา ฟวนเต ลูกสาวอาจารย์มหาวิทยาลัย พวกเขาคบกันเมื่อเขาอายุ 19ปี ส่วนเธออายุเพียงแค่ 14ปี คบกันมา7ปีก่อนแต่งงาน พวกเขาอยู่กันที่ทะเลสาบโกโม อีกทั้งยังเป็นเจ้าของภัตตาคาร “เอล เกาโช”ในย่านนาวีลยี ของเมืองมิลาน ซึ่งเป็นย่านท่องเที่ยวชื่ดัง เปาลาปัจจุบันทำงานเป็นช่างถ่านรูป ทั้งคู่มีลูกสาวชื่อ โซล(ก. 11 มิถุนายน 2005) และมีลูกชายสองคน อิกนาซีโอ (ก. 2008) และโตมัส (ก. 9 พฤษภาคม 2012)